污水處理菌種在污水處理系統的厭氧池跟好氧池處投加；先配制菌種液，再投入系統中，能大大的縮短馴化的時間；投加比例：根據不同類型的廢水，工藝，濃度，廢水量決定投加量；根據實際的進水情況，出水的效果，做出定時的補給增減用量。

微生物污水處理菌種具有繁殖快速、生命力強、安全無毒等特點，微生物污水處理菌種能有效消除惡臭困擾，防止病原菌蚊蠅滋生。且能夠避免化學處理法產生的二次污染，減少污水產生量，改善污水的水質，減低污水的處理費用。